Sekolah Pah Tsung pertama kali berdiri pada zaman penjajahan Jepang karena melihat banyak anak-anak dan generasi muda yang tidak bersekolah  pada masa itu. Setelah Indonesia merdeka, sekitar tahun 1947 ada  sekumpulan orang keturunan Tionghoa yang berinisiatif untuk mendirikan sekolah. Dibukalah Sekolah Tingkat Menengah Atas yang mayoritas siswanya adalah keturunan Tionghoa dengan nama Pah Tsung. Ini berasal dari kata Pah Tsen artinya  “Batavia” dan Tsung Sio artinya Sekolah Menengah yang maksudnya yaitu Sekolah Menengah yang  terletak di daerah Batavia.

 Kemudian ketika Batavia berganti nama menjadi “Jakarta”, sekolah pun ikut mengganti namanya menjadi “Ya Tsung” artinya Sekolah Menengah  yang terletak di daerah Jakarta. Dikarenakan mayoritas siswanya adalah keturunan ras Tiong Hoa maka bahasa yang digunakan adalah bahasa Mandarin.

Pada masa orde baru, bahasa Mandarin diangggap sebagai salah satu bentuk ancaman bagi pemerintahan,  sehingga pada tahun 1966 sekolah terpaksa  ditutup dan  segala aktivitas  kegiatan belajar mengajar dihentikan.

Sekitar tahun 200 para alumni dari Sekolah Pah Tsung berkumpul kembali dengan wacana ingin membangun kembali almamater mereka dengan tujuan untuk meningkatkan kualitas pendidikan dengan membangun sekolah unggulan non-komersil. Segala bentuk daya dan upaya telah diusahakan sehingga sekitar tahun 2007 secara serius para alumni tersebut melakukan berbagai persiapan untuk membuka sekolah. Pada tahun 2009, mulailah dibangun gedung Sekolah Pah Tsung yang berada di area Kompleks City Park blok A4, Cengkareng, Jakarta Barat.

Sekolah Pah Tsung ini mendapat dukungan penuh dari para alumni dalam wadah sebuah yayasan yang bernama Yayasan Panca Cemerlang. Yayasan ini adalah lembaga yang menyelenggarakan dan mengelola, membuat konsep, visi, misi serta strategi pendidikan dan arah kerja sekolah.

Sekolah Pah Tsung berdiri kembali pada Tahun Ajaran 2012/2013 dengan membuka jenjang mulai dari Kelompok Bermain (KB), Taman Kanak Kanak (TK) dan Sekolah Dasar (SD) kelas 1 .  Pada Tahun Ajaran 2013/2014 dilanjutkan dengan pembukaan sampai jenjang Sekolah Dasar (SD) kelas 4. Di Tahun Ajaran 2014/2015 dilanjutkan sampai Sekolah Dasar (SD) kelas 5.

Untuk Tahun Ajaran 2015/2016 selain melanjutkan pembukaan sampai Sekolah Dasar (SD) kelas 6, Sekolah Pah Tsung juga melakukan pengembangan untuk membuka jenjang Sekolah Menengah Pertama (SMP). Direncanakan pada Tahun Ajaran berikutnya akan dibuka jenjang Sekolah Menengah Atas (SMA).